Gewässer und Auen
Gewässer und ihre Uferbereiche sind vielfältige, dynamische Lebensräume und wichtige Vernetzungselemente in der Landschaft: Fast ein Zehntel der in der Schweiz vorkommenden Tierarten lebt in Fliessgewässern und stehenden Gewässern. Naturnahe Bäche und Flüsse, denen genügend Raum zur Verfügung steht, erfüllen viele wichtige Funktionen. Dazu gehören der gefahrlose Transport von Wasser, Geschiebe und Schwemmholz, die Grundwasserneubildung sowie die Vernetzung von Lebensräumen in der Landschaft. Strukturreiche und naturnahe Fliessgewässer und Seen sind zudem besonders beliebt bei Erholungssuchenden.
Die Gewinnung von Landwirtschafts- und Siedlungsflächen, Gewässerverbauungen, Nährstoffeinträge, Massnahmen zum Hochwasserschutz und die hydroelektrische Nutzung haben den Lebensraum Gewässer in den letzten beiden Jahrhunderten massiv beeinträchtigt. Die Austauschprozesse mit dem umgebenden Land sowie die Längsvernetzung innerhalb der Gewässer wurden auf ein Minimum reduziert.
Fische und andere Bewohner der Flüsse, Bäche und Seen reagierten auf diese Beeinträchtigungen mit einem Rückgang der Artenvielfalt, der Dichte und der Biomasse. Unzählige künstliche Barrieren verhindern zudem quellwärts gerichtete Wanderungen von Fischen und Wirbellosen. Sieben Fisch- und Rundmaularten sind in der Folge in der Schweiz ausgestorben. Probleme mit der Wasserqualität (z. B. Abwasser, Pestizide, Überdüngung der Seen) haben ebenfalls zu Veränderungen der Fauna und zum Verlust von Arten geführt.
Die Wasserqualität von Seen hat sich dank verschiedener Massnahmen wieder deutlich verbessert. Allerdings stellen Mikroverunreinigungen (z.B. Pflanzenschutz- und Arzneimittel) nach wie vor Probleme dar. Mit Gewässerrevitalisierungen werden seit einigen Jahren weitere Defizite angegangen. Die Qualität der Eingriffe wird beeinflussen, ob sich die Biodiversität in den Gewässern und Auen wieder erholen kann. Notwendig sind Revitalisierungen, welche zur Wiederherstellung von naturnahen und dynamischen Gewässern mit standorttypischen Organismen führen.