Eine Spürnase auf vier Rädern im internationalen Wettbewerb für Synthetische Biologie
Beim internationalen iGEM Wettbewerb für Synthetische Biologie treffen sich jährlich über 300 Teams von Nachwuchsforschenden aus über 40 Ländern. Die Studentinnen und Studenten erarbeiten in den Sommermonaten davor mit sehr viel Kreativität und Engagement an einem eigenen Projekt im Bereich Synthetische Biologie. Um ihre Ideen umzusetzen, verwenden sie bereits vorhandene biologische Bausteine, entwickeln aber auch neue solche Elemente. Auch Schweizer Nachwuchsforschende nehmen jeweils mit Erfolg und Begeisterung am Wettbewerb.
AROMA – mit diesem Akronym startete das iGEM-Team der ETH Zürich in den internationalen Wettbewerb des Jahres 2018. Das Kürzel steht für Autonomous Robot for Odorant Measurement in Air. Und der Name ist Programm: Das Team, das die Disziplinen Biologie, Elektronik und interdisziplinäre Studien vereint, baut einen Roboter, der fähig sein soll, in der Umgebungsluft "Witterung aufzunehmen", sprich: bestimmte Substanzen zu riechen.
Die Einsatzmöglichkeiten für AROMA wären vielfältig. Ein solches Gerät könnte beispielsweise verwendet werden, um anhand entsprechender Moleküle Lecks an Erdölpipelines oder Landminen aufzuspüren. Das Prinzip: Der Roboter – seine Gestalt erinnert an einen kleinen Geländewagen – bewegt sich «der Spur nach», d.h. folgt der Konzentration der Moleküle bis zu ihrer Quelle. «Wir haben uns für ein Projekt ausserhalb der therapeutischen Life Sciences entschieden, weil diese im iGEM-Wettbewerb meistens sehr gut vertreten sind», erklärt Oliver Baltensperger vom iGEM-Team.
Das Besondere am Projekt des iGEM-Teams ist, dass es Elektrotechnik mit Biologie verbindet. Anstelle eines herkömmlichen Messfühlers steuert nämlich ein zellbasierter Biosensor den Roboter. Die jungen Forscherinnen und Forscher haben zwei verschiedene Ansätze getestet, um dem schwerwiegendsten Nachteil solcher Sensoren Herr zu werden: ihrer langen Reaktionszeit. Denn üblicherweise reagieren sie, wenn ein Reiz auf die Rezeptoren der Zelle einwirkt und diese als Folge davon ein Protein exprimiert – ein Prozess, der etliche Minuten in Anspruch nimmt.
Zwei verschiedene Ansätze im Blickpunkt
Um einen schnell reagierenden Biosensor zu erzielen, nutzt das iGEM-Team den Chemotaxis-Reaktionsweg von Escherichia coli. Die Chemotaxis ist eine der grundlegendsten Reaktionen von Bakterienzellen, indem diese die Richtung ihrer Fortbewegung aufgrund der Konzentration bestimmter Substanzen resp. Moleküle einschlagen. Das Bewegungsmuster der Bakterien verändert sich und kann unter dem Mikroskop beobachtet werden. Dies nutzt der Roboter aus, denn in seiner «Nase» befinden sich die Bakterien zusammen mit einem selbstgebauten Lichtmikroskop. Ein Algorithmus analysiert die Bewegung der Bakterien und überträgt das Signal auf den Roboter, der sich entsprechend in die Richtung der Quelle der Substanz bewegt. Um das Signal unter dem Mikroskop zu verstärken, haben die Studierenden die Bakterien auf dem Objektträger fixiert und Mikropartikel – sogenannte Beads – an die Zellen gehängt. Dass der bakterielle Biosensor grundsätzlich gut funktioniert, konnten die Nachwuchswissenschaftler mit einem natürlichen Duftstoff, Aspartat, überprüfen.
Ein anderer Ansatz der Gruppe basiert auf einem in Bakterien hergestellten Fluoreszenzprotein, das geteilt wurde. Ein hinzugefügtes Bindungsprotein fügt beide Teile zusammen, sobald entsprechende Duftmoleküle in der Umgebung vorhanden sind. Je höher deren Konzentration, desto stärker leuchtet das wieder vereinigte Fluoreszenzprotein. Auch diese visuellen Signale werden vom Mikroskop detektiert und an den Roboter weitergeleitet.
Die visuellen Signale – beim einen Ansatz die Bewegung des Bakteriums, beim anderen die Leuchtkraft – geben dem Roboter die Richtung vor, in die er sich bewegen soll.
Adaptation als Herausforderung
Damit «AROMA» tatsächlich in der Lage wäre, seine vielfältigen Aufgaben zu erfüllen, müsste der Roboter allerdings auf verschiedene Duftmoleküle angesetzt werden können. Die jungen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler haben daher versucht, den Chemotaxis-Rezeptor zu adaptieren. In der iGEM-Bibliothek fanden sie eine Anleitung, um den Rezeptor für Vanillin sensitiv zu machen. Im Experiment schlug diese Adaptation bis jetzt allerdings fehl.
Dass die Ergebnisse früherer iGEM-Ausgaben gesammelt werden, damit die Forschung auf ihnen aufbauen kann, ist ein Charakteristikum des internationalen Wettbewerbs. Jedes teilnehmende Team muss denn auch die von ihm neu entwickelten DNA-Bauteile – die sogenannten Biobricks – abliefern. Im Fall des ETH-Teams sind es das geteilte und mit «Bioklebstoff» ausgestattete Fluoreszenzprotein sowie das mit den Mikropartikel versehene E. coli-Bakterium.
Überstunden und Leidenschaft
Das iGEM-Team, dessen Mitglieder aufgrund von Bewerbungen ausgesucht wurden, hat seine Arbeit im Mai 2018 aufgenommen. Zunächst galt es, eine eigene Projektidee zu entwickeln und die entsprechende Fachliteratur zu studieren. Die eigentliche Forschungsarbeit kam ab Juli richtig in Fahrt: «12 Stunden im Labor – das schweisst zusammen!», sind sich die jungen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler einig, die darüber hinaus auch die generelle Hilfsbereitschaft an der Hochschule loben: «Wann immer wir etwas brauchen, greift man uns unter die Arme, wenn wir sagen, dass es um iGEM geht». Allein die in Aussicht gestellten «Credits» sind es nicht, die zum grossen Aufwand motivieren; vielmehr ist es die Mischung aus Eigenständigkeit, Freiheit und Neugier, die das Team anstachelt – und nicht zuletzt die Lust, sich mit anderen Forschungsgruppen zu messen.
Die Aufgaben der iGEM-Teams beschränken sich aber nicht auf die wissenschaftliche Tätigkeit im engeren Sinn. Vielmehr fordern die Teilnahmebedingungen unter dem Stichwort «human practices» auch den Austausch mit der Öffentlichkeit. Und so standen die Mitglieder des Teams an einem Samstag im September in der Basler Innenstadt interessierten Passantinnen und Passanten Rede und Antwort, stellten ihr Projekt vor und unterhielten sich generell über die Einsatzmöglichkeiten gentechnisch veränderter Organismen. Auch Sicherheit wird gross geschrieben, und das Team muss sich Gedanken darüber machen, welche allfälligen Sicherheitslücken es geben könnte und wie diesen vorgebeugt werden können.
Verschiedene Auszeichnungen
Im Rahmen des iGEM-Wettbewerbs werden verschiedene Auszeichnungen verliehen. So können die eingereichten Poster, die neu entwickelten «basic parts» bzw. Biobricks, die Präsentation des Projektes oder noch andere Aspekte prämiert werden. Die Preise werden in Form von Silber- und Goldmedaillen verliehen oder als «Nomination», wenn ein Projekt als Anwärter auf eine Medaille gehandelt wurde.
Für das ETH iGEM-Team 2018 war die Teilnahme am Wettbewerb ein voller Erfolg. Nebst mehreren Nominierungen und einer Goldmedaille erhielt das Team den "iGEMers-Preis", der von allen teilnehmenden Teams an das beste Team vergeben wird.
November 2018
Weiterführende Informationen
- Webseite des Projekts AROMA, iGEM Team der ETH Zürich 2018 Link
- Webseite von iGEM Link
- iGEM Teams der ETH Zürich Link
- iGEM Teams der EPF Lausanne Link
- Verein Synbio der Universität Zürich Link
Authors: Dr Lucienne Rey
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